Nuestro Sistema Educativo surge como una iniciativa de su fundadora la Señora Marcela Fonseca, de proporcionar a la niñez de Cartago un lugar en el cual los niños y las niñas desarrollaran un aprendizaje basado en el gozo y el disfrute, rodeados de naturaleza. Se contó con la asesoría y acompañamiento de la Docente Licda. María Auxiliadora Meneses, en la conformación del proyecto educativo. Se inicia la construcción de las aulas y la adquisición del mobiliario y los materiales para dotar a los estudiantes de un lugar amplio y acorde a sus necesidades. 

En el año 2008 se inicia con un grupo de 23 estudiantes, con una maestra y una asistente. Inicia bajo la modalidad de “Taller”, al cual los estudiantes asistían los días que sus padres eligieran (dos, tres o cinco días semanales). El segundo semestre del mismo año, un aumento en la matrícula crea la necesidad de contratar más personal. Por lo tanto, se crean dos grupos, se finalizó el año con 34 alumnos. 

A finales del año 2008, se construyen dos nuevas aulas. El objetivo fue ampliar los niveles impartidos y cambiar la modalidad de “Taller Infantil” en los niveles superiores a “Jardín Infantil”. Fue entonces cuando se inicia el proceso para solicitar el reconocimiento del Ministerio de Educación Pública para el nivel de preparatoria, el cual se obtuvo en el año 2009 con el nombre de Jardín Infantil San Francisco de Asís. 

De ahí en adelante la matrícula fue en aumento año con año. Los padres y madres de familia comprendieron que la Institución ofrecía una metodología diferente, además de amplias instalaciones, ambientes pedagógicamente preparados y personal capacitado con los más altos estándares profesionales. Se construyeron posteriormente dos módulos más, para responder a la demanda de matrícula creciente. 

La Escuela San Francisco de Asís nace como una respuesta a la demanda de los padres y madres de familia que buscaban una alternativa educativa diferente para sus hijos e hijas. En el 2012, solicitan la apertura de la escuela con una propuesta metodológica innovadora y acorde a las necesidades de los estudiantes. En el 2014, la institución compra el terreno ubicado al sur del antiguo Jardín Infantil San Francisco de Asís y empieza la construcción de las instalaciones actuales de la escuela.

Comienzan las labores logísticas de preparación de reglamentos, programas, lineamientos y requisitos para la apertura de la Escuela. Los permisos del Ministerio de Educación Pública se obtuvieron en el año 2015 con el nombre de Centro Educativo San Francisco de Asís, dando la consolidación de un Sistema Educativo que provea la etapa prescolar y I y II ciclos de la Educación General Básica. 

En el año 2015 se inicia la escuela con dos grupos de primer grado, bajo la dirección de la Licda. María Auxiliadora Meneses y la administración de la Sra. Marcela Fonseca. Esta generación es la que guía la historia, como el primer grupo de estudiantes, en graduarse con el título de “sexto grado” del Centro Educativo San Francisco de Asís.